Phòng Quản lý khoa học và Hợp tác quốc tế (QLKH&HTQT), Trường Đại học Phú Yên được thành lập năm 2005, khi còn là trường Cao đẳng Sư phạm Phú Yên. Ban đầu, Phòng chỉ có 02 nhân sự (01 Trưởng phòng và 01 Phó Trưởng phòng), đến khi nâng cấp lên Trường Đại học Phú Yên (2007), số lượng nhân sự được lãnh đạo Trường bổ sung là 03 người, đến năm 2025 nhân sự của Phòng là 05 người. Ngoài nhiệm vụ quản lý hoạt động Nghiên cứu khoa học của giảng viên, viên chức và sinh viên, Phòng còn đảm nhận công tác Hợp tác quốc tế của Nhà trường, đối ngoại với các tổ chức nước ngoài như WUSC, SJ Việt Nam, Fulbright,... Phòng luôn nhận được sự quan tâm chỉ đạo trực tiếp của Tập thể lãnh đạo Trường, của Chi bộ Quản lý khoa học - Thư viện. Hiện tại, Phòng được biên chế 05 người, trong đó 01 Trưởng phòng, 01 Phó Trưởng phòng và 03 viên chức (chuyên viên).

Trong những năm qua, Phòng QLKH&HTQT đã từng bước trưởng thành và gắn bó mật thiết với sự phát triển chung của Nhà trường. Phòng đã từng bước hoàn thiện trên các mặt tổ chức, xây dựng đội ngũ, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ, mở rộng hợp tác trong và ngoài trường, đáp ứng tốt hơn cho nhiệm vụ nghiên cứu khoa học, hợp tác quốc tế của Nhà trường. Thực hiện chức năng, nhiệm vụ mà Tập thể lãnh đạo Trường giao phó, Phòng đã xây dựng kế hoạch hằng năm cũng như kế hoạch dài hạn, tham mưu cho Nhà trường trong các lĩnh vực khoa học công nghệ và hợp tác quốc tế: Soạn thảo các quy định về hoạt động nghiên cứu khoa học của giảng viên, viên chức và sinh viên, cách tính giờ nghiên cứu khoa học hàng năm cho giảng viên, viên chức, các quy định về tiếp đón những đoàn khách nước ngoài đến thăm và làm việc tại Trường Đại học Phú Yên.

Thành tích nổi bật trong giai đoạn 2007 - 2025 là Phòng QLKH&HTQT đã phối hợp với các đơn vị trong và ngoài trường tổ chức hơn 35 hội nghị, hội thảo khoa học các cấp (hội thảo quốc tế, quốc gia, cấp trường, cấp khoa) trong đó một số hội thảo gây tiếng vang lớn: Vai trò của các trường đại học địa phương trong đào tạo đáp ứng nhu cầu nhân lực phục vụ phát triển kinh tế-xã hội ở địa phương và khu vực (10/2013); Chữ Quốc ngữ từ khi hình thành đến nay: Sự biến đổi và đóng góp vào văn hóa Việt Nam(10/2015); “Kế thừa và phát huy tư tưởng Hồ Chí Minh tăng cường thế và lực đất nước trong sự nghiệp đổi mới và hội nhập” (24/8/2018); phối hợp với Đoàn PP19 (Hoa Kỳ) tổ chức Hội thảo quốc tế: “Ứng phó với thiên tai và biến đổi khí hậu (Adaptation to natural and climate change) (8/5/2019); phối hợp với Viện Toán học Việt Nam tổ chức Hội thảo quốc tế toán học: “Lý thuyết kỳ dị và hình học đại số” (3/2024); phối hợp với Viện Nghiên cứu Phát triển Phương Đông, Hiệp hội các trường đại học, cao đẳng Việt Nam và tổ chức Đối thoại Châu Á tổ chức Hội thảo quốc tế: “Giáo dục đại học vì sự phát triển Châu Á” (7/2024); phối hợp Sở VHTT&DL Phú Yên, Trường Đại học KHXH&NV - Đại học Quốc gia TP. Hồ Chí Minh tổ chức Hội thảo khoa học quốc gia: “Phát triển bền vững du lịch Phú Yên” (9/2024);... Bên cạnh đó, Phòng cũng đã tổ chức xét duyệt gần 250 đề tài các cấp; tổ chức Hội đồng đánh giá khóa luận tốt nghiệp cho hơn 100 khóa luận tốt nghiệp sinh viên, trình độ đại học các ngành Giáo dục Tiểu học, Giáo dục Mầm non, Cử nhân Sinh học, Sư phạm Văn học, Cử nhân Công nghệ thông tin, Sư phạm Toán học...

Trong lĩnh vực hoạt động hợp tác quốc tế, phòng đã tổ chức đón tiếp nhiều đoàn khách quốc tế thuộc các tổ chức: Tổ chức tình nguyện quốc tế SJ Việt Nam, Tổ chức hữu nghị Hàn Quốc - Việt Nam, Hiệp hội ngôn ngữ Hàn - Việt, Chương trình Fulbright, Công ty Tư vấn Giáo dục Noble Solution của Cộng hòa Ireland, Hội đồng Anh, Đoàn đại diện Trường Đại học bang Arizona, Hiệp hội Cao đẳng Cộng đồng Việt Nam (VACC)... đến thăm và làm việc tại trường; phòng còn tổ chức 2 đợt đi công tác nước ngoài cho lãnh đạo và giảng viên nhà trường đến Philippines và Malaysia ký kết các văn kiện hợp tác.

Từ những kết quả trên, Phòng QLKH&HTQT được Uỷ ban nhân dân tỉnh Phú Yên công nhận là Tập thể đơn vị hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ và được Hiệu trưởng trao tặng giấy khen hằng năm.