Phòng Quản lý khoa học và Hợp tác quốc tế trường Đại học Phú Yên được thành lập năm 2005 khi còn là trường Cao đẳng Sư phạm Phú Yên. Ban đầu, Phòng chỉ có 2 nhân sự (01 Trưởng phòng và 01 Phó trưởng phòng), đến khi nâng cấp lên trường Đại học Phú Yên (2007) thì số nhân sự được lãnh đạo nhà trường bổ sung là 03 người, đến năm 2015 nhân sự của phòng là 07 người. Ngoài nhiệm vụ quản lý, theo dõi hoạt động Nghiên cứu khoa học của cán bộ, giảng viên, sinh viên, Phòng còn đảm  nhận công tác Hợp tác quốc tế của Nhà trường, đối ngoại với các tổ chức nước ngoài như WUSC, SJ Việt Nam, Fulbright,..... Phòng luôn nhận được sự quan tâm chỉ đạo trực tiếp của Ban Giám hiệu, của Chi bộ Quản lý khoa học & Hợp tác quốc tế - Thanh tra - Thư viện. Hiện tại, Phòng được biên chế 04 người, trong đó 01 Trưởng phòng, 03 chuyên viên.

Trong những năm qua, Phòng Quản lý khoa học và Hợp tác quốc tế đã trưởng thành và gắn bó mật thiết với sự phát triển của nhà trường. Phòng đã từng bước hoàn thiện trên các mặt chính trị, tư tưởng, tổ chức, xây dựng đội ngũ, nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ, hợp tác trong và ngoài trường, đáp ứng ngày càng tốt hơn nhiệm vụ nghiên cứu khoa học, hợp tác quốc tế của Nhà trường. Thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ mà lãnh đạo nhà trường giao phó, phòng đã xây dựng kế hoạch hàng năm cũng như dài hạn, tham mưu cho nhà trường trong các công tác về lĩnh vực khoa học công nghệ và hợp tác quốc tế : soạn thảo các quy định về hoạt động NCKH của giảng viên và sinh viên, cách tính giờ NCKH hàng năm cho giảng viên, các quy định về tiếp đón các đoàn khách nước ngoài đến thăm và làm việc tại trường…

Thành tích nổi bật trong giai đoạn 2007-2021 là Phòng QLKH&HTQT đã phối hợp với các đơn vị trong và ngoài trường tổ chức gần 35 hội nghị, hội thảo khoa học các cấp (cấp quốc gia, cấp trường, cấp khoa) trong đó một số hội thảo gây tiếng vang lớn: Vai trò của các trường đại học địa phương trong đào tạo đáp ứng nhu cầu nhân lực phục vụ phát triển kinh tế-xã hội ở địa phương và khu vực (10/2013), Chữ Quốc ngữ từ khi hình thành đến nay: Sự biến đổi và đóng góp vào văn hóa Việt Nam(10/2015), “Kế thừa và phát huy tư tưởng Hồ Chí Minh tăng cường thế và lực đất nước trong sự nghiệp đổi mới và hội nhập” (24/8/2018); phối hợp với Đoàn PP19 (Hoa Kỳ) tổ chức Hội thảo quốc tế: “Ứng phó với thiên tai và biến đổi khí hậu (Adaptation to natural and climate change) (8/5/2019). Bên cạnh đó, Phòng cũng đã tổ chức xét duyệt 220 đề tài các cấp; tổ chức Hội đồng đánh giá khóa luận tốt nghiệp cho khoảng 97 khóa luận sinh viên đại học các ngành Giáo dục Tiểu học, Giáo dục Mầm non, Cử nhân Sinh học, Sư phạm Văn học, Cử nhân Công nghệ thông tin, Sư phạm Toán học...

Trong lĩnh vực hoạt động hợp tác quốc tế, phòng đã tổ chức đón tiếp nhiều đoàn khách quốc tế thuộc các tổ chức: Tổ chức tình nguyện quốc tế SJ Việt Nam, Tổ chức hữu nghị Hàn Quốc – Việt Nam, Hiệp hội ngôn ngữ Hàn – Việt, Chương trình Fulbright, Công ty Tư vấn Giáo dục Noble Solution của Cộng hòa Ireland, Hội đồng Anh, Đoàn đại diện Trường Đại học bang Arizona, Hiệp hội Cao đẳng Cộng đồng Việt Nam (VACC)...đến thăm và làm việc tại trường; phòng còn tổ chức 2 đợt đi công tác nước ngoài cho lãnh đạo và giảng viên nhà trường đến Philippines và Malaysia ký kết các văn kiện hợp tác.

Từ những kết quả trên, Phòng Quản lý khoa học và Hợp tác quốc tế được Uỷ ban nhân dân tỉnh Phú Yên công nhận là Tập thể đơn vị hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ và được Hiệu trưởng trao tặng giấy khen hàng năm.